Zodra een zeehond weer gezond is en voldoende gewicht heeft om zelfstandig te kunnen overleven, wordt hij weer vrijgelaten. Geen enkele zeehond blijft langer dan noodzakelijk in gevangenschap. Het vrijlaten is altijd weer een feest; het is de kroon op het werk van alle medewerkers. 
De patiënt is genezen en mag weer naar huis. Alle zeehonden krijgen een merkje in hun achterflap, om hen in de toekomst te kunnen identificeren. Soms raakt een zeehond dit merkje echter kwijt en daarom wordt de laatste jaren ook een chip met electronische informatie in het lichaam aangebracht. Deze chip is af te lezen door met een speciaal apparaat over het lichaam te gaan.
Voorbereiding vrijlaten
Kort voor vertrek worden de zeehonden die die dag mee mogen uit de bassins gehaald en ondergebracht in speciale reiskisten. Zeehonden worden nooit alleen vrijgelaten, maar altijd in een groepje van drie of vier, zodat ze in het begin wat steun aan elkaar hebben. De kisten worden in de aanhanger geladen en dan begint de reis voor de gewone zeehonden met een rit naar de Eemshaven, Lauwersoog of Holwerd waar de "HARDER" of de "KRUKEL" ligt. Dit zijn twee boten van het Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit waarmee de zeehonden naar de zandbanken gebracht worden. De grijze zeehonden worden vrijgelaten op Vlieland of Terschelling in de nabijheid van de zandbanken waar deze soort leeft.
Op het Wad
Eenmaal aangekomen bij de zandbank, worden met een rubberboot de kisten en de passagiers die het uitzetten bijwonen naar een zandbank gebracht. De kisten staan dan in het gelid op een tiental meter afstand van het water. Zeehonden worden altijd bij laag water uitgezet, zodat ze zelf kunnen bepalen wanneer en waar ze in het water gaan. Vaak worden de reiskisten geopend door kinderen of volwassenen die een zeehond geadopteerd hebben en nu mee mogen om hun "eigen" zeehond vrij te laten.
Alle zeehonden worden vrijgelaten, zelfs blinde dieren. Deze blijken zich in het wild uitstekend te kunnen redden, hetgeen wel blijkt uit het tempo waarmee ze het water weten te vinden. Voor alle dieren is het even wennen, opeens al die ruimte om hen heen, maar na een paar minuten wagen ze allemaal de duik in de Waddenzee en even later zijn ze duidelijk in hun element. Soms duiken al op korte afstand de kopjes van andere zeehonden op, die hun soortgenoten verwelkomen of komen de uitgezette zeehonden met een zelf gevangen vis boven water.
De kansen
Natuurlijk heeft de Zeehondencrèche uitgebreid onderzoek gedaan naar de overlevingskansen van de dieren die worden vrijgelaten. Uit wetenschappelijk onderzoek is gebleken dat zelfs dieren die op de dag van hun geboorte zijn gevonden (en die dus niets van sociaal gedrag in het wild hebben meegemaakt) zich binnen twee weken volledig aanpassen aan het gedrag van hun soortgenoten. Bovendien is gebleken dat de zeehonden zonder problemen hun eigen maaltje vis kunnen vangen. Soms zien we een zeehond zelfs direct na het vrijlaten boven komen met een platvis in de bek.
