Alle bassins van de Zeehondencrèche bevatten leidingwater, waaraan zout is toegevoegd. Om dit water helder en schoon te houden, beschikt de Zeehondencrèche over drie grote, volledig van elkaar gescheiden computergestuurde waterzuiveringen, met een gezamenlijke capaciteit van 230.000 liter per uur. Ieder buitenbassin heeft een buffertank van minstens dezelfde inhoud, waarin het verontreinigde water terecht komt. Na zuivering via o.a. zand- en koolfilters wordt dit water weer naar de bassins gepompt. Dankzij dit systeem kan hetzelfde water gedurende lange tijd gebruikt worden, waardoor een grote besparing op de kosten van het gebruik van leidingwater wordt bereikt. De totale capaciteit van de zeehondenbassins en de buffertanks bedraagt ruim 500 m³.

Helaas is deze capaciteit niet voldoende. Vandaar dat in de tweede helft van 2011 dankzij een gift van de Nationale Postcode Loterij een geheel nieuwe waterzuivering wordt aangelegd. Details daarvan worden binnenkort op deze website-pagina uitgelegd.