De meeste quarantaine-ruimtes in de Zeehondencrèche zijn gebouwd als een "schone" operatiekamer in een ziekenhuis. De ruimten zijn volledig van elkaar geïsoleerd, en in de ruimte heerst overdruk: een hogere luchtdruk dan in de omringende ruimte. Achter de quarantaines ligt een gang, waarop de deuren van de quarantaine-ruimten uitkomen. In deze gang heerst onderdruk. Door dit drukverschil is het absoluut onmogelijk dat virussen of bacteriën via de lucht in een andere quarantaineruimte terecht komen.

Ook de watertoevoer en -afvoer van de bassins is volledig van elkaar gescheiden. De ruimte heeft een constante temperatuur en de tegelvoer waarop de zeehond ligt is verwarmd. Met een TV-camera wordt de patiënt in de gaten gehouden.
Verzorgsters moeten, voor ze de quarantaineruimte betreden, in een speciale kleedruimte hun werkpak vervangen door een onderpak, waarover ze vlak bij de quarantaineruimte een speciaal quarantainepak aantrekken. Bovendien dragen ze haarkapjes, monddoekjes en handschoenen, en trekken ze bij het betreden van de quarantaineruimte de daar gereedstaande laarzen aan. Na het behandelen van een zeehond blijven al deze beschermende kledingstukken in de quarantaineruimte achter, om later te worden weggegooid of gedesinfecteerd. Om een volgende zeehond te kunnen behandelen, wordt in de quarantainegang een nieuwe set beschermende kleding aangetrokken over het onderpak.