Momenteel worden verschillende onderzoeken uitgevoerd door onderzoekers en medewerkers van de Zeehondencrèche;

• De database van de Zeehondencrèche, met daarin alle gegevens van zeehonden die in de afgelopen 35 jaar zijn opgevangen in de Zeehondencrèche, wordt momenteel geanalyseerd. Hierbij wordt onder meer worden gekeken naar pathologie, overlevingskans, kwaliteit van de opvang e.d. Hiermee kunnen veranderingen in de opvang (zoals overlevingspercentage, behandeling), veranderingen in het leefmilieu (zoals vervuiling, vistuig), maar ook veranderingen in de zeehondenpopulatie (zoals percentage zieke dieren) zichtbaar worden gemaakt. Tegelijkertijd worden ook de data van gestrande bruinvissen geanalyseerd, bestaande uit honderden sectie-rapporten over een periode van 25 jaar.
• Met behulp van verschillende onderzoeksmethodes wordt de voedselecologie van gewone en grijze zeehonden bestudeerd. Dit is een langlopend onderzoek wat ook in de komende jaren zal worden voortgezet.
• In samenwerking met de Rijksuniversiteit Groningen worden 2 master-onderzoeken Mariene Biologie uitgevoerd. Het eerste onderzoek heeft betrekking op de antistoffen-titer van verschillende virussen in zeehonden. Het tweede onderzoek richt zich op het gedrag en het welzijn van de zeehonden tijdens hun verblijf in de Zeehondencrèche.
• In samenwerking met de Technische Universiteit van Delft wordt onderzocht wat de effecten zijn van zenders die op de vacht c.q. de huid van een zeehond worden vastgeplakt. Aanleiding hiervoor was de trieste dood van een met een satellietzender uitgeruste zeehond in 2005.
• Voor de verzorging en behandeling van zeehonden is veterinair onderzoek belangrijk. Momenteel worden onder meer parasieten onderzocht en wordt veel aandacht besteedt aan verfijning van de behandelmethoden.
• Door jarenlange monitoring van de zeehonden wordt inzicht verkregen in de toestand van de populaties, het leefmilieu van de zeehonden en de gezondheid van de dieren.
• Momenteel wordt de laatste hand gelegd aan een bijzonder proefschrift over de historie van de zeehondenjacht in Nederland. Dit is het zevende promotieonderzoek uitgevoerd bij de Zeehondencrèche.
• Menselijke activiteiten conflicteren soms met de aanwezigheid van zeehonden. De Zeehondencrèche onderzoekt welke activiteiten een bedreiging vormen voor de zeehonden, in welke mate dat het geval is en probeert hiervoor oplossingen te vinden. In dit kader wordt veel onderzoek gedaan naar de gevolgen van visnetten en vishaken op zeehonden (en andere zeezoogdieren). Daaraan gekoppeld wordt onderzocht wat de beste behandelmethodes zijn voor verwondingen die door vistuig worden veroorzaakt.