Om het leefgebied van de zeehonden zo goed mogelijk te beschermen en om het opvangwerk optimaal en verantwoord te kunnen uitvoeren is wetenschappelijk onderzoek van groot belang en is gespecialiseerde kennis noodzakelijk. Daarom heeft wetenschappelijk onderzoek bij de Zeehondencrèche sinds de jaren '80 een belangrijke plaats ingenomen. Het onderzoek van de Zeehondencrèche is breed en beslaat meerdere disciplines, zoals populatiebiologie, toxicologie, immunologie, virologie, fysiologie, ecologie en ethologie.

Inmiddels zijn zes medewerkers en onderzoekers van de Zeehondencrèche gepromoveerd op onderzoek aan zeehonden. Ilona Visser (1993), Rik de Swart (1995), Peter Ross (1995), Timm Harder (1997) en Byron Martina (2003) hebben hun onderzoek gedaan onder leiding van prof. dr. A.D.M.E. Osterhaus, hoogleraar virologie aan de Erasmus Universiteit Rotterdam. Prof. dr. W. van Delden, hoogleraar populatie-genetica aan de Rijksuniversiteit Groningen was promotor van Anique Kappe (1998).
In april 2007 promoveerde Pieter 't Hart op een zevende proefschrift, getiteld "Zeehondenjacht in Nederland, 1591 - 1962". Een overzicht van vier eeuwen lang bejaging van, en regelgeving, beleid en zienswijzen omtrent zeehonden in onze wateren.

Zeehondencrèche Lenie 't Hart is een stichting, met aan het hoofd een bestuur dat zich laat adviseren door specialisten op alle mogelijke wetenschappelijke deelgebieden. Deze specialisten stellen hun kennis belangeloos beschikbaar voor het werk van de crèche. Er wordt gewerkt volgens protocollen, waarin voor vrijwel alle voorkomende situaties tot in details is vastgelegd hoe de werkwijze van de crèchemedewerkers dient te zijn. Bovendien blijven de specialisten op (vooral) medisch terrein altijd beschikbaar om ingeschakeld te worden bij specifieke problemen bij zeehonden, bijvoorbeeld als een zeehond een vishaak heeft ingeslikt.