Op 26 maart 2004 ontving de Zeehondencrèche als eerste opvangcentrum ter wereld het ISO-9001-2000 certificaat. Voor de voorbereiding van deze ISO certificering zijn gedurende een periode van 2 jaar alle procedures en protocollen van de zeehondenzorg uitgebreid onder de loep genomen. De nadruk van het ISO kwaliteitskeurmerk lag uiteraard op de zeehondenzorg. Bij de ISO-9001-2000 certificering gaat het er om dat alle processen binnen een organisatie herkenbaar en transparant zijn en aan voortdurende kwaliteitscontrole worden onderworpen.

Dit ISO-certificaat is voor de crèche heel belangrijk omdat het een indicatie geeft over de professionaliteit van de hele organisatie en de zorgvuldigheid waarmee alle medewerkers omgaan met de door onafhankelijke, gespecialiseerde wetenschappers opgestelde protocollen.
 De ISO-certificering laat zien dat je als opvangcentrum voor dieren de hoogste eisen kunt stellen en we hopen hiermee een standaard voor andere opvangcentra over de hele wereld te zetten.

In 2000 ontving de crèche al het CBF-keurmerk, dat een garantie is voor de zorgvuldigheid waarmee met het geld van donateurs wordt omgesprongen. Deze ISO-certificering vormt een tweede maatlat, waarlangs de kwaliteit van het werk van de crèche beoordeeld kan worden.