De belangrijkste bedreigingen van de gewone zeehonden in de Waddenzee worden veroorzaakt door menselijke activiteiten. In het verleden was de jacht de grootste bedreiging voor deze dieren. Rond 1900 werden duizenden zeehonden in het Waddengebied doodgeschoten of doodgeknuppeld. Sinds 1962 is de jacht op de gewone zeehonden in Nederland verboden. In 1972 volgde in Duitsland de deelstaat Niedersachsen en enkele jaren later Schleswig-Holstein en Denemarken. Dankzij het stoppen van de jacht nam het aantal zeehonden aanvankelijk iets toe, maar vervuiling en verstoring bracht het totale aantal op een gevaarlijk dieptepunt.

Tegenwoordig wordt de grootste bedreiging voor zeehonden gevormd door de nog steeds bestaande vervuiling. Ten eerste de onzichtbare vervuiling in de vorm van stoffen die erg moeilijk afbreekbaar zijn en die dus lange tijd in het milieu aanwezig zullen blijven. Maar er zijn ook nieuwe stoffen, waarvan in sommige gevallen de exacte werking nog niet eens goed ingeschat kan worden. Meer onderzoek in aanvulling op het al rond 1993 door de Zeehondencrèche uitgevoerde onderzoek naar het immuunsysteem is dan ook gewenst.
Ten tweede neemt de hoeveelheid zwerfvuil in zee toe en raken steeds meer zeehonden verstrikt in oude netten en andere niet afbreekbare rommel. Een ander punt van zorg is de toename van het aantal zeehonden dat sterft na het inslikken van vishaken.
De toename van het toerisme op het wad tijdens de geboorte- en zoogperiode van de dieren blijft een belangrijke bron van verstoring. In de zomermaanden varen duizenden zeil- en motorschepen de Waddenzee op en leggen vaak aan bij zandplaten of -banken die door zeehonden gebruikt worden. Ook het overige gebruik van het Waddengebied veroorzaakt veel onrust.
Vooral de pups lopen gevaar door dergelijke verstoring. Niet alleen lopen zij de kans om hun moeder kwijt te raken, maar wanneer de jonge dieren in de slechts vier weken durende zoogperiode door verstoring niet voldoende kunnen drinken, missen ze de noodzakelijke vetreserves die hen daarna door de moeilijke eerste weken heen zouden moeten helpen. Zonder die reserves raken ze verzwakt en zonder hulp zullen ze tenslotte verhongeren.