De Zeehondencrèche beschikt over een eigen laboratorium, met instrumentarium om vooral bloedonderzoek te kunnen doen. Voor verder specialistisch onderzoek worden bloedmonsters opgestuurd naar externe laboratoria. Naast het bloedonderzoek wordt er intern veel onderzoek gedaan naar worminfecties bij zeehonden. Door het onderzoeken van de mest van een zeehond kan een wormbesmetting worden opgespoord en kan de zeehond behandeld worden.
Er wordt in het laboratorium uitsluitend gewerkt door de vaste zeehondenverzorgsters, volgens protocollen waarin de werkwijze omschreven wordt. De dierenarts beoordeelt de uitslagen en stelt zonodig een behandelplan op.